為貧苦者服務一向是嘉諾撒仁愛會的使命。於1890年，修女們有見筲箕灣區有大量貧民，因此在該區租用一間小房間，開辦識字班，於日間照顧約50名小童。由於缺乏交通工具，早期，修女們每天需步行往來堅道修院及筲箕灣，但遙遠的路途並無阻修女們為貧苦者服務的決心。
1891年，Mr David Sasson捐出3000平方尺的土地給修會用以興建修院及學校。Rev. Mother Maria Stella為筲箕灣修院(St Joseph Convent)的拓荒者。修女們除在修院辦學外，亦照顧孤兒，並開辦診所贈醫施藥。
第二次世界大戰時，日軍入侵香港，並佔用筲箕灣修院。修女們惟有帶著孤兒們往暫避。二戰後，英政府仍徵用修院作警署，直至1950年才把修院交回修會。
主曆1951年，學校重開，並註冊為一所接受政府資助的津貼小學。
本校舊名為嘉諾撒修院學校，校址在筲箕灣教堂街。
由於東區走廊及地鐵工程的發展，學校應教育署要求，於主曆1984年遷移至鰂魚涌現址，正名為香港嘉諾撒學校，由全女校轉制為男女校。
本校校舍憑簡約的設計、和諧的色調、寬敞的空間榮獲香港建築師學會1984年度建築設計最高榮譽獎。
遷至鰂魚涌後，學校仍分為上下午校。各部別共24班。
兩部別於主曆2007年合併，學校成為一所36班的全日制學校。
嘉諾撒修女們於1890年在港島東區服務開始至今已130年有餘，學校會繼續秉承會祖聖瑪大肋納嘉諾撒的精神，努力培育學生成為愛主愛人的好公民 。